目指せ！伝説のポケモンマスター！ ２
□第１章：新たな旅立ち
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一人のポケモントレーナーが旅立ち、そして、多くの仲間と出会い、ロケット団を蹴散らし、そして、記憶を取り戻した。そのポケモントレーナーは、己のミスで封印されしポケモン、『リュウシャン』を封印から解放させてしまう。その後、仲間と協力し、リュウシャンは再び封印された。その後、そのポケモントレーナーは、殿堂入りを果たし、ポケモンマスターとなった。
あれから一年。ここにも新たなポケモンマスターを目指す者が現れた。彼の名は『ウルス』。不器用だが、仲間思いの少年だ。使用するポケモンは、『ラティオス』・『ラティアス』・『マグマラシ』の３体である。この物語は、ウルスとその仲間とが出会う、不思議な運命と戦う物語である。